vRangerの設定をしていますが、その中で差分バックアップがどうしても出来ないのでサポートに問い合わせました。

日本語版のWindowsServer2003R2SP2では差分バックアップバグができないとのこと。ベンダーも認識しているバグなので次バージョンで改善される予定ということです。