タイトルの通り、Windows2000ドメインのメンバサーバとなっているWindows Server 2008 R2上にvCenter 4.1 update 1をインストールする時、2008R2にパッチ適用しないと失敗します。

ここに書いてある通りです。

Installing vCenter Server 4.1 on a Windows 2008 R2 system fails

Symptoms

• Cannot install vCenter Server 4.1 on a Windows 2008 R2 system
• Installing vCenter Server 4.1 on a Windows 2008 R2 system fails
• You see on of these errors:
• • The trust relationship between this workstation and the primary domain failed in the jointool-0.log
  • Setup cannot create vCenter Server directory Services Instance

Resolution

This issue may occur if the Active Directory in your environment is hosted by a Windows 2000 domain controller. This issue occurs because vCenter Server 4.1 is unable to retrieve the security identifier (SID) for an account.

To resolve this issue, you must apply the x64-based version of a Microsoft hotfix. For more information and to download the hotfix, see the Microsoft Knowledge Base article 976494.

Note: You must reboot the system before installing vCenter Server again.

上記にあるようにKB976494のパッチ適用が必要です。

パッチはリンク先のフォームからメールアドレスを登録すると、ダウンロードリンクと解凍パスワードが送られてくるので、それで。

適用後、再起動するとインストールが出来ました。